Phantom Doctrine er en strategisk, turbaseret spionthriller, der udspiller sig på højden af den kolde krig. Spillet trækker på en lang række af inspirationskilder som fx de klassiske spionfilms subtile intriger. Spilleren kastes ud i en mystisk verden fyldt med hemmelige missioner, kontraspionage, sammensværgelser og paranoia.
Som leder af en hemmelig organisation, der kun kendes som The Cabal, har du ansvaret for at forhindre en global sammensværgelse, der søger at så splid mellem verdens ledere og lande. Ved at udføre hemmelige missioner, undersøge hemmelige dokumenter og afhøre fjendtlige agenter afslører du et ildevarslende komplot. Det er op til dig at forpurre fjendens plan og redde verden fra en forfærdelig skæbne, inden tiden løber ud.