Spheroids comienza cuando Lucas, un chico canadiense, introvertido y un poco miedoso, va al garaje de Otto. Otto es un genio paranóico y medio loco que lleva años estudiando una posible conspiración para ocultar la existencia de universos alternativos al mundo cúbico en el que ellos viven. Es ahí donde Otto le cuenta que era cierto, que no estaba loco. Unos alienígenas con formas esféricas de otra dimension están invadiendo el mundo y alguien tiene que hacer algo para evitar que lo vuelvan todo redondo.
Lucas, en el transcurso de los 32 niveles de que consta el juego, tendrá que recorrer distintos entornos llenos de obstáculos que sobrepasar, peligros que evitar y diferentes enemigos que destruir con la ayuda del 'gancho de perforación modificado' que le deja Otto, además de otros elementos un tanto particulares que le proporcionará a lo largo de la aventura como un gancho retráctil de escalada o unas botas de inversión de gravedad.
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