I dati tecnologici del carro armato nucleare bipede Metal Gear finiscono sul mercato nero. Solid Snake si lancia all'inseguimento di una nave cisterna che trasporta un prototipo di Metal Gear. Ma Snake cade in una trappola e viene creduto disperso con la nave cisterna sul fondo del fiume Hudson. Due anni dopo, la Big Shell, una piattaforma per la decontaminazione, viene invasa da alcuni terroristi, guidati da un uomo che dichiara di essere Solid Snake. Il governo invia Raiden, una recluta dell'unità FOXHOUND, per infiltrarsi nella Big Shell e salvare il Presidente degli Stati Uniti, mentre la pace del mondo è in bilico.
• Include MGS2 + le missioni in RV
• Nuove mosse e metodi d'infiltrazione come salti mortali, appendersi a sporgenze e utilizzare travestimenti
• Scenari interattivi dove i proiettili forano i tubi di vapore, il fumo rivela i raggi laser e le scarpe bagnate lasciano impronte
• Una vibrante colonna sonora composta da Harry Gregson-Williams (Armageddon, The Rock)