I dagene i forkant av hendelsene til The Bureau: XCOM Declassified melder agenten Nico DaSilva seg som frivillig til å utføre en rekke hemmelige eksperimenter, for å identifisere og kurere et nytt forferdelig patogen. Opparbeid kampferdighetene til det fulle, og driv teamet ditt til det ytterste for å beskytte en venn fra sine egne marerittaktige hallusinasjoner.